時は1969年（昭和44年）。
大阪万博の開催まで一年をきったある日、東京下町の長屋に住む平凡な少女浅葱まりんは突如空に現われた異世界「ブリガドーン」からやってきた謎の生体兵器（モノマキア）に襲われる。
その時、根津神社に御神体として祭られていたアンプルの中から別のモノマキアが現れ、まりんを救う。
彼の名はメラン・ブルー。
まりんを守るのが任務だという。
二つの世界の運命をかけた戦いが始まる。